Заболевания рыб вызываются многими факторами окружающей среды. К ним относятся как биотические: вирусы, бактерии, водоросли, грибы, гельминты, ракообразные, так и абиотические факторы: токсические вещества, нарушения гидрохимического режима и другие составляющие внешней среды. При разведении форели в искусственных условиях резистентность организма рыб снижается. Это во многом связано с высокой плотностью обитания форели на единице площади.
К инфекционным болезням, обнаруживаемым на форелевых хозяйствах, относятся вирусная геморрагическая септимеция, инфекционная анемия форелей, также имеющая вирусную природу; фурункулез, возбудителем которого являются бактерии; сапролегниоз, вызываемый паразитическими грибами рода Saprolegnia.
Среди наиболее опасных инвазионных заболеваний следует отметить ряд протозоонозов: костиоз, гексамитоз, миксозомоз, хилодонеллез, триходиноз, ихтиофтириоз; гельминтозы: диплостомоз, эхиноринхоз; агрулез, относимый к крустацеозам.
Среди мер профилактики заболеваний наиболее важным, по мнению авторов, является контроль физиологического состояния и здоровья рыбы на каждом из этапов онтогенеза, так как ряд вирусных зоонозов может передаваться через икру. Также большое внимание следует уделять контролю чистоты воды и всего оборудования, обеспечение полноценного сбалансированного питания рыбы. На крупных хозяйствах, занимающихся не только выращиванием, но и разведением рыбы, рекомендуется регулярно проводить селекционную работу по отбору наиболее устойчивых к заболеваниям особей.